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Après avoir perdu son unique sœur il y a 5 ans, le garçon borgne, Kakeru Satsuki, a le sentiment que sa vie est vide et il a une vision pessimiste de la vie. Il n'est capable de retrouver sa vie et sur les rails que grâce à l'aide de son amie d'enfance Yuka Minase. Kakeru et Yuka vont à l'Académie Kouryoukan dans la ville d'Ayamegaoka. Yuka essaie d'aider Kakeru par tous les moyens possibles mais est incapable de développer une relation plus étroite avec lui. Bien qu'ils avancent dans leur nouvelle vie, leur destin est radicalement changé lorsque soudainement Kakeru et Yuka sont jetés dans un monde alternatif effrayant. Tout le monde autour d'eux disparaît soudainement et la ville devient une ville fantôme. Le ciel devient rouge comme du sang et la lune devient noire. La ville d'Ayamegaoka devient un endroit désolé et Kakeru et Yuka sont laissés seuls dans le monde de la «nuit rouge». Les monstres commencent à errer dans les rues. La seule chose que Kakeru et Yuka peuvent faire est de s'enfuir. Heureusement, le monde revient à la normale avec le temps, mais ils ne savent jamais quand la nuit rouge se reproduira soudainement.
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