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Le jeu place le joueur aux commandes d'une compagnie de chemin de fer. A-Train III est le 1er jeu de la série à utiliser la projection dimétrique quasi-isométrique. Il existe 2 types de transport que la compagnie du joueur peut emprunter : les passagers ou les matériaux de construction. Le 1er est plus rentable, mais les matériaux de construction permettent à la ville de se développer. Partout où les matériaux de construction sont livrés, ils peuvent être utilisés pour construire. Commençant par des maisons, mais finalement, à mesure qu'une zone se développe, des routes, des magasins etc. sont construits. Ceux-ci peuvent fournir des revenus supplémentaires pour un service de passagers, mais, permettre à la ville de se développer peut également être considéré comme un objectif. En plus des bâtiments construits par l'ordinateur, en réponse aux matériaux présents, le joueur peut construire ses propres bâtiments.
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