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Également connu sous le nom de Metal Slug 2001, il s'agit d'un jeu pirate basé sur Metal Slug 1st Mission (Neo Geo Pocket Color), avec certains éléments tirés de sa suite. En tant que membre des forces d'élite Peregrine Falcons, votre mission est d'éliminer le maléfique colonel Bildegaarn. À l'aide du tank polyvalent Metal Slug, du Slug Flyer, de votre ingéniosité et de votre pistolet, traversez jusqu'à 17 missions pour libérer le monde de la tyrannie.