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Les Goonies repose un peu sur le film du même nom, où un garçon nommé Mikey et ses amis découvrent le Trésor d'un pirate juste à temps pour empêcher leur ville natale d'être racheté par des promoteurs avides. Alors que le jeu reprend certains des aspects du film, il s'ensuit une intrigue décidément différente, avec le gang de Mikey capturé par la famille Frateli. Mikey doit les secourir en explorant des donjons. Il y a six niveaux en tout. Power-ups et diamants sont cachés.Après que le joueur ais terminé les étapes du premier niveau de difficulté, il accède au deuxième niveau. Beaucoup de secrets sont disséminés dans le jeu.
