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Magical Drop se joue dans un style et un gameplay similaires à ceux des franchises Puyo Puyo et Puzzle Bobble. Une « pile » de bulles de couleur aléatoire descend du sommet, et le joueur est vaincu lorsqu'une bulle touche le fond. Les bulles peuvent être ramassées et déposées par le « clown » du joueur en bas, et sont détruites lorsque trois bulles ou plus de la même couleur sont réunies sur une même colonne. Des « chaînes » se forment soit lorsqu'une seule goutte provoque une réaction en chaîne, soit lorsque plusieurs groupes de bulles sont détruits en succession rapide. Le jeu se joue normalement à deux joueurs (l'un d'entre eux peut être un ordinateur), et les chaînes accélèrent la descente de la pile de l'adversaire.
