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Marvel Super Heroes est un jeu de combat dans lequel les super-héros et les méchants de l'univers Marvel s'affrontent. Le but du jeu est d'utiliser des attaques et des capacités spéciales pour mettre K.O. son adversaire ou posséder plus de vie que lui à la fin du round. Tout au long du match, les joueurs accumulent une gauge qu'ils peuvent utiliser pour effectuer de puissantes attaques "Infinity Combo". Les gemmes de l'infini constituent un mécanisme unique dans le jeu : Power, Time, Space, Reality, Soul and Mind. Ces gemmes peuvent être obtenues auprès des adversaires en mode arcade, ou en remplissant certains critères en mode versus, comme le fait de porter le premier coup. En utilisant ces gemmes au combat, les combattants bénéficient d'effets améliorés pendant un court laps de temps, tels qu'une puissance ou une défense accrue, une récupération de santé ou des attaques supplémentaires.
