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En tant que membre de l'Unité des Forces d'Elites "Peregrine Falcons", vous avez le devoir d'eliminer le diabolique Colonel Bildegaarn. C'est avec l'aide du tank multitache "Metal Slug" ainsi que du "Slug Flyer", de votre Blaster et de votre dexterite que vous pourrez vous frayer un chemin au travers des 17 missions qui vous permettrons de sauvez le monde de la tyrannie. La contruction des stages et le gameplay invite a la rejouabilité par le biais d'une progression echelonné et de "ranking" La sauvegarde en jeu laisse la possibilité au joueur d'eteindre la console et de reprendre sa partie sans perdre ses acquis.
