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Prenez le contrôle du réservoir Metal Slug sur le NGPC une fois de plus, cette fois pour vaincre la force de frappe rebelle "Phantom". Voyagez à travers 38 champs de batailles non-linéaire pour vaincre les troupes ennemies et sauver les otages. Pilotez le tank Metal Slug, le jet de combat Slug Flyer et le sous-marin Slug Sub et tirez à la mitrailleuse lourde, le lance-roquettes et le canon. Une liste d'otages sauvés et un mode time attack ajoutent de la profondeur à cette version.
