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Vous vous battez contre contre la maléfique Mother Brain. Vous êtes à l'intérieur de la planète forteresse Zebes. La planète est remplie de passages secrets où les Metroids se multiplient. Laissé seul, le Metroid est inoffensif. Mais dans de mauvaises mains ils pourraient détruire la galaxie. C'est à vous d'empecher Mother Brain qui contrôle Zebes d'utiliser les Metroids à des fins maléfiques. Mais ce ne sera pas facile. Vous devrez utiliser votre combinaison spatiale pour absorber l'énergie précieuse pour l'utilisation de vos armes comme le faisceau de glace, le faisceau de vague, les bottes de saut.
