Dans cette version de la série Mobile Suit Gundam, une guerre a eu lieu entre les Titans et un groupe dissident de la Fédération de la Terre appelé l'A.E.U.G. Plusieurs années après la guerre d'un an, l'A.E.U.G. a été formé à partir d'un groupe de membres désillusionnés de la Fédération de la Terre et fait maintenant la guerre contre les Titans et c'est aux membres restants de la FE de faire équipe avec les Titans pour arrêter cette menace. L'histoire tourne autour d'un pilote de Gundam nommé Kamille Bidan, qui pilote le Zeta Gundam, l'homonyme du jeu, mais le joueur peut également choisir pour quel camp il veut se battre, soit les Titans/Fédération, soit l'A.E.U.G. Le gameplay consiste principalement à traverser des paysages, à détruire des méchas ennemis et à remplir des objectifs. Les méchas peuvent également se transformer en véhicules secondaires tels que des jets avec des armes plus puissantes.