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Il s'agit du deuxième « animé interactif » Neon Genesis Evangelion sur Saturn. Les événements du jeu se déroulent juste après l'épisode 14 de la série TV. Une nouvelle fille, appelée Magumi, arrive à l'école où étudie le héros de la série, Shinji Ikari. Les deux commencent à développer des sentiments l'un pour l'autre, lorsqu'un nouvel Ange attaque. Le joueur contrôle Shinji à travers une série de décisions (il y a désormais trois ou quatre choix à chaque fois, contrairement au jeu précédent qui n'en proposait que deux, avec une histoire à embranchements) et à travers les combats. Une grande partie des séquences de combat issues du film est présentée en 3D. Le joueur sélectionne des actions de temps à autre ; les bons choix permettent la continuité du film, et donc celle du jeu.
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