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L'organisation secrète Fata Morgana met au point une arme capable de tuer ou de blesser les deux tiers de la population mondiale. Un groupe supranational d'experts en combat du monde entier, appelé Project Blue, a été créé pour contrer les agissements maléfiques de Fata Morgana. Sonic Wings Special est un portage amélioré et étendu d'Aero Fighters Special (Sonic Wings Limited au Japon), un jeu de tir à la chaîne à défilement vertical. Le jeu original utilise des niveaux modifiés, des graphismes et de nombreuses fonctions d'Aero Fighters, Aero Fighters 2 et Aero Fighters 3. La version pour console de salon ajoute de nouveaux personnages et de nouvelles fins, de nouveaux boss, des graphismes mis à jour et des avions à débloquer. Il existe également des modes Time Attack et 2 joueurs. Le jeu utilise un système de niveaux à embranchements, il est donc impossible de voir tous les niveaux en une seule fois. Il y a un total de 14 personnages jouables et de nombreuses fins différentes (dont certaines sont réutilisées des jeux précédents de la série). Dans l'ensemble, le jeu a un aspect comique.
