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Dans un futur lointain, un petit groupe d'exilés humains est condamné à lutter pour sa survie aux confins de la galaxie. Grâce à sa puissance militaire, à l'espionnage et à la tromperie, un gouvernement terran unifié a maintenu une paix fragile. Mais alors que les ressources et le carburant viennent à manquer, les nations confédérées se tournent vers les mondes riches de leurs voisins extraterrestres, les énigmatiques Protoss. Pour compliquer encore les choses, il semble qu'une espèce jusqu'alors inconnue, les Zergs, ait pénétré dans l'espace protoss et détruise tout sur son passage. L'heure de la guerre a sonné. La version N64 de StarCraft est un jeu de stratégie en temps réel mettant en scène trois races distinctes : les Terrans, les Protoss et les Zergs. Les commandes ont été adaptées à la manette, avec plusieurs menus de raccourcis disponibles, et la collecte de ressources a été automatisée afin de limiter le nombre d'options requises. Cependant, les cinématiques et l'éditeur de carte du jeu original sont absents.
