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Wonder Boy est en apparence un garçon des cavernes nommé Tom-Tom, armé d'une hachette en pierre qu'il peut lancer sur ses ennemis, et qui évolue dans un monde peuplé d'escargots, de fées, et d'un sorcier qui change de tête après chaque défaite. Avant de pouvoir affronter le sorcier dans son château, Tom Tom devra parcourir des forêts peuplées d'araignées, sauter de plateforme en plateforme au dessus de l'eau ou encore traverser une caverne remplie de chauves-souris. En guise de power up, Tom-Tom peut obtenir un skateboard, parfois délicat à guider. Le but du protagoniste est de secourir son amie Tanya.
